Deputi Bidang Karantina Hewan berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Karantina Indonesia.

Deputi Bidang Karantina Hewan dipimpin oleh Deputi

Deputi Bidang Karantina Hewan mempunyai tugas:

menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina hewan.

Dalam melaksanakan tugas, Deputi Bidang Karantina Hewan menyelenggarakan fungsi:

a. Perumusan kebijakan teknis di bidang karantina hewan;

b. Pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina hewan;

c. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang karantina hewan; dan

d. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan Karantina Indonesia.

Deputi Bidang Karantina Hewan terdiri atas:

a. Direktorat Standar Karantina Hewan;

b. Direktorat Manajemen Risiko Karantina Hewan; dan

c. Direktorat Tindakan Karantina Hewan.